Sasaran Prodi S3 Ilmu Perikanan sesuai dengan masing-masing visi di atas adalah:
- meningkatkan jumlah mahasiswa yang mendalami perikanan berkelanjutan;
- meningkatkan penelitian dosen dan mahasiswa dalam bidang perikanan berkelanjutan;
- meningkatkan penerapan hasil penelitian yang dapat dimanfaatkan untuk kesejahteraan masyarakat.
Sasaran tersebut di atas dapat dicapai dengan strategi pencapaiannya sebagai berikut:
- Peningkatan managemen dan mutu internal yang meliputi perbaikan mutu materi dan proses pembelajaran, pengenalan program studi ke stakeholders termasuk sosialisai dan pemahaman visi, misi, dan sasaran,
- Peningkatan managemen mutu internal (lanjutan) meliputi : review/penyusunan GBRP berbasis SCL, perbaikan mutu perkuliahan, standarisasi pelaksanaan penulisan proposal, seminar rencana penelitian, pelaksanaan, seminar hasil penelitian, ujian tutup dan ujian promosi; peningkatan mutu secara eksternal meliputi : melakukan kerjasama nasional dan internasional,
- Peningkatan mutu internal dan eksternal (lanjutan) antara lain : perbaikan mutu pembelajaran misalnya melengkapi semua mata kuliah dengan GBRP dan modul, perbaikan mutu penelitian dan mutu tesis,
- Perbaikan mutu internal (berlanjut).