Profil lulusan Prodi S3 Ilmu Perikanan adalah sebagai berikut:
- mempunyai kemampuan pengembangan dan memutakhirkan Ilmu Perikanan Berkelanjutan dengan cara menguasai dan memahami pendekatan, metode, dan kaidah ilmiah disertai keterampilan penerapannya;
- mempunyai kemampuan memecahkan permasalahan di bidang perikanan melalui kegiatan penelitian dan pengembangan berdasarkan kaidah ilmiah; dan
- mempunyai kemampuan mengembangkan kinerja profesional yang ditunjukkan dengan ketajaman analisis permasalahan dan keterpaduan pemecahan masalah di bidang perikanan.