a). Kurikulum S3 Ilmu Perikanan Jalur Kuliah & Penelitian:
| Semester | Nama Mata Kuliah | SKS |
| I | Metodologi Penelitian Perikanan | 3 |
| Penulisan Ilmiah dan Etika Akademik | 3 | |
| Filsafat Ilmu | 2 | |
| Pilihan Minat 1 | 3 | |
| Pilihan Minat 2 | 3 | |
| JUMLAH (SEMESTER I) | 14 | |
| II | Ujian prakualifikasi (prelim) | |
| Seminar proposal penelitian | 2 | |
| Pilihan Minat 3 | 3 | |
| Pilihan Minat 4 | 3 | |
| JUMLAH (SEMESTER II) | 8 | |
| III | Presentasi pada seminar internasional | 3 |
| JUMLAH (SEMESTER III) | 3 | |
| IV | Publikasi pada jurnal terindeks Scopus | 5 |
| JUMLAH (SEMESTER IV) | 5 | |
| V & VI | Seminas hasil penelitian | 4 |
| Disertasi | 12 | |
| JUMLAH (SEMESTER IV) | 16 | |
| JUMLAH KESELURUHAN | 46 | |
Daftar mata kuliah peminatan:
| Kode MK | Nama Mata Kuliah | SKS |
| 711L2613 | Bioekologi Perikanan | 3 |
| 712L2613 | Pendekatan Ekosistem dalam Pengelolaan Perikanan | 3 |
| 713L2613 | Biologi Populasi Ikan | 3 |
| 714L2613 | Pengelolaan Sumber Daya Perairan | 3 |
| 715L2613 | Ekologi Perikanan Lanjutan | 3 |
| 716L2613 | Bioteknologi Akuakultur | 3 |
| 717L2613 | Sistem Akuakultur | 3 |
| 718L2613 | Parasitologi dan Immunologi Akuakultur | 3 |
| 719L2613 | Nutrisi dan Teknologi Pakan Lanjutan | 3 |
| 720L2613 | Perikanan Berkelanjutan | 3 |
| 721L2613 | Teknologi Penangkapan Ikan Bertanggung Jawab | 3 |
| 722L2613 | Kebijakan & Strategi Pengembangan Perikanan Tangkap | 3 |
| 723L2613 | Model Pengembangan Perikanan Tangkap | 3 |
| 724L2613 | Teknologi Hasil Perikanan | 3 |
| 725L2613 | Industri Hilir Perikanan | 3 |
| 726L2613 | Ekonomi Sumberdaya Perikanan | 3 |
| 727L2613 | Ekonomi Lingkungan Perikanan | 3 |
| 728L2613 | Strategi & Kebijakan Pembangunan Ekonomi Perikanan | 3 |
| 729L2613 | Pengelolaan Industri Perikanan | 3 |
b). Kurikulum S3 Ilmu Perikanan Internasional Jalur Penelitian:
| Semester | Nama Mata Kuliah | SKS |
| I | Seminar 1 | 1 |
| Seminar proposal penelitian | 2 | |
| JUMLAH (SEMESTER I) | 3 | |
| II | Seminar Internasional 1 | 3 |
| Seminar 2 | 1 | |
| JUMLAH (SEMESTER II) | 4 | |
| III | Publikasi 1 | 5 |
| Seminar Internasional 2 | 3 | |
| Seminar 3 | 1 | |
| JUMLAH (SEMESTER III) | 9 | |
| IV | Publikasi 2 | 5 |
| Seminar 4 | 1 | |
| JUMLAH (SEMESTER IV) | 6 | |
| V | Publikasi 3 | 5 |
| Seminar 5 | 1 | |
| JUMLAH (SEMESTER V) | 6 | |
| VI | Seminar 6 | 1 |
| Seminar hasil penelitian | 4 | |
| Disertasi | 9 | |
| JUMLAH (SEMESTER VI)) | 14 | |
| JUMLAH KESELURUHAN | 42 | |